本院節能團隊每天巡查院內用水狀況並抄表紀錄，作為定期追蹤會議的參考依據；配合政府節約用水。 2021 年，本院的自來水用水量 363,497 噸，聖賢分院的用水量為 38,827 噸。未來醫療擴建大樓有規劃回收水利用，建築物均應採內政部綠建築評估系統，取得綠建築候選證書及通過綠建築分級評估銀級以上，並取得綠建築標章。

本院設有污物室與配膳室，且本院為醫療院所，對於廢汙水須妥善進行處理。本院的廢汙水主要分成生活廢汙水、感染性廢汙水以及醫療廢汙水。本院的污物室設有專屬的感染性汙水道，以進行分類處理；醫療廢汙水如牙科的石膏沉澱箱，則定期更換濾網並保養設備， 且設置定時清洗的水道攔截網，確保廢汙水的水質。本院也設有專人定期檢查廢汙水 pH 值 並加藥處理，並負責定期維護保養設備。