本院成立之初，在洪啟仁院長領軍下，由楊國卿醫師擔任內科部主任，其編制包括心臟內科、胸腔內科、腎臟科、內分泌科、胃腸科及風濕免疫科等共六大科別，科主任分別由程俊傑醫師、高尚志醫師、李素慧醫師、賴史明醫師、楊國卿醫師及莊志誠醫師等擔任；開幕時尚無公農勞保等保險給付，病人都是自費就醫，但來自各醫學中心的英雄好漢，大家胼手胝足一步一腳印，以最認真的態度與精湛的醫術，贏得士林天母及大台北地區居民的信賴與讚譽。陸續有了保險給付的加入，門診病人每天多達五千多人，夜間門診亦曾達千人，創下許多令人稱奇的紀錄。

由於血液腫瘤病人日增，先是由台大醫院支援，但無法應付需求，因此1993年12月敦請溫武慶醫師擔任血液腫瘤科主任。此外醫院感染管制醫療業務與日俱增，因此於1994年8月聘請張藏能醫師擔任感染科主任，自此內科部共有8個科別。

2004年1月楊國卿醫師升醫療技術副院長，由高尚志醫師續任內科部主任，在原有的基礎上努力提升醫療服務品質並深耕教學研究，順利通過了2005年的評鑑與2008年的醫學中心評鑑。2008年7月屆滿後，程俊傑醫師接掌內科部，程主任於2012年6月階段性任務完成後，2012年7月由徐國基醫師接掌內科部，負責內科教學研究及服務等重責。2016年5月內科部組織編修，敦聘徐培菘醫師擔任副主任，與徐主任共同協助醫院順利通過2016年醫學中心評鑑。

2016年7月張藏能醫師接掌內科部，在住院醫師人力短缺期間臨危授命從事多項改革，包括招收專科護理師協助住院醫師減少其工作量；此外為了加強內科部教學，除了每周親自主持星期二、三內科晨會教學，並於內科部各個醫療科設置教學負責人，負責每星期五中午核心課程。同時內科部每月最後一週星期五中午定期召開導師與住院醫師座談會，經由導生會落實雙向回饋機制，回饋住院醫師意見，提升教學品質。2018年8月徐培菘副主任轉任一般醫學科主任，由吳秉修醫師續任行政副主任。為持續提升住院醫師學術研究並鼓勵論文寫作，同月內科部組織編修，敦聘林裕民醫師擔任教學副主任。2021年3月吳秉修副主任轉任健康管理部副主任，由蔡適吉醫師續任行政副主任，持續推動及提升教學品質。2022年7月蔡適吉副主任轉任心臟內科主任，由蔡明憲醫師接續行政副主任。同期間，內科部推行EPAs評量並成立臨床能力委員會(Clinical Competency Committee, CCC)，持續強化住院醫師訓練。