本院訂有「大規模感染事件院內處理流程」、「發燒篩檢及發燒病人處理之標準作業程序」及「新興呼吸道傳染病緊急應變處理」。針對疑似或確定之傳染病個案，訂有隔離防護措施及接觸者疫調追蹤標準作業程序。每週固定以電子郵件發放疫情週報，不定時針對即時疫情製作文宣及海報宣導，並舉辦傳染病防治、隔離防護裝備穿脫演練。本院每年針對新興傳染病防護如採檢送驗、病人轉送動線規劃及清潔消毒等作業進行演習，並確實執行檢討改善。配合國家政策即時通報法定傳染病且配合衛生單位作疫情調查與個案追蹤隔離，使傳染病防治能達到滴水不漏；並協助舉辦社區公共衛生與防疫宣傳活動。 

2023 年隨著COVID‑19 疫情降溫，國境解封。同年3 月，M 痘國內疫情升溫‑ 本院診斷5 例確診個案，其中4 例收治住院隔離治療，住院隔離9‑18 天左右；10 月開始協助國家高風險族群( 含照護醫護人員) M 痘疫苗接種‑ 共服務50 人次接種68 劑。另於同年6 月本土登革熱疫情升溫‑ 本院協助數起士林、北投及大同區登革熱本土個案接觸者採檢作登革熱抗原快篩檢驗；於12 月辦理醫院同仁確診登革熱應變桌上型演練‑ 強化臨床人員警覺加強登革熱診斷、應變處理及防蚊措施及物資討論以避免院內後續群聚影響。

本院規範醫院員工（含外包人員）每人每年至少應有接受3 小時感染管制及傳染病教育訓練，且符合標準的比率至少應達90%，新進人員則應於到職半年內接受6 小時感染管制及傳染病教育訓練。 

感染管制教育訓練由感染科醫師及感管小組擔任講師，針對院內傳染途徑、新興或再浮現傳染病，依流行病趨勢與國家衛生政策設計感控課程，進行全體員工感染管制教育訓練。並定期舉辦因應大規模感染及清空消毒作業之演練，如防護裝備穿脫及動線演練。2023 年( 含外包人員) 完成率皆>95%。