本院訂有「廢棄物實施分類管理辦法」，妥善清理企業廢棄物，並積極推動廢棄物減量，對院內，加強分類管理，例如確實將一般性醫療廢棄物與感染性廢棄物分開並避免交互污染，以減少感染性廢棄物量；避免使用一次性、使用後即拋棄的產品；推動電子化、無紙化以取代傳統之文書記錄型式；未來也規劃加強對病人及家屬之教育與宣導並提供完善之減量指引與設施。對院外則鼓勵民眾將藥品、包裝盒等醫療廢棄物送至院內集中檢收，2021-2023年用水量 並由藥師提供諮詢。

本院廢棄物處理回收與廠商簽訂合約，審核其在環保部系統登載資料是否核實，包含營業登記證、許可營運項目、處理廠許可營運量、進廠許可週期、清理車籍證明、事業負責人等；為防止因本院之突發狀況或廠商營運量能而導致廢棄物清運受中斷，也與備援廠商簽訂合約，維持廢棄物清運正常運作。

本院廢棄物包含一般事業廢棄物及經特許處理之醫療廢棄物，所有廢棄物均依管理辦法與清理計劃書，交由具有乙級廢棄物處理技術員認證的專門技術員處理；感染性廢棄物依法上網申報，並留存聯單紀錄；嚴格追蹤廢棄物運送及處理過程，並取得妥善處理證明文件。

本院對於各類廢棄物的儲存設備或容器均貼有醒目的標誌。可回收廢棄物以廢紙類占比最高，以廢棄物處理方式來區分，無論一般廢棄物或醫療廢棄物，大多採焚化處理。2023 年共焚化約484.116 公噸( 有害事業廢棄物) 及775.6 公噸( 非有害事業廢棄物)。

本院力行資源有效運用與廢棄物減量，要求院內新光生活廣場的店家須確實分類垃圾之外，也在全院各樓層設置分類回收垃圾桶，且配合環保署設置廢四機回收服務等專線。

廢棄藥物檢收對醫療院所而言是非常重要的工作，妥善處理不僅有助於環境生態保護，更可落實感染防治。本院為落實醫療廢棄藥物分類與檢收，方便民眾處理不需要的醫療用品和藥物，於一樓候藥大廳藥物諮詢櫃台成立「正確用藥教育資源中心」，提供廢棄藥物檢收服務，由藥師協助民眾回收不需要或過期的藥物，有效、安全地處理醫療廢棄藥物，另一方面可宣導民眾遵醫囑服藥之正確用藥觀念，避免醫療資源浪費，並鼓勵民眾將廢棄藥物送回本院集中處理，以落實環境保護。民眾送至本院集中處理的廢棄物均據實分類並登記重量於「檢收登記表」，所有分類檢收之廢棄藥物也不得再回收利用。

居家廢棄藥物中，有五大類建議拿至醫院，由藥師協助檢收分類，包括：抗生素、荷爾蒙、抗癌與免疫抑制劑、針具針頭及液體類藥物，本院在集中後將依「廢棄物實施分類管理辦法」採取不同的方式處理。醫療活動產生的廢棄物也依循同樣原則，例如護理站工作車均設置分類丟棄專區，分別收集廢棄針具與感染性廢棄物，一樓大廳也有設置針具回收筒，並要求裝置八分滿即須更換。