本院致力落實環境永續發展，嚴格推行《廢棄物實施分類管理辦法》。透過專業的源頭分流管理，精確區隔一般性醫療廢棄物與感染性廢棄物，有效防範交叉污染，從源頭實踐廢棄物減量。為深化全員執行力，積極辦理「生物醫療廢棄物再利用宣導會」，透過扎實的教育訓練引導同仁精確掌握分類標準與處置流程，將減碳意識轉化為日常實踐。

在供應鏈治理層面，建構嚴謹的合規審核機制，定期透過環境部系統核實合作廠商之營業登記、許可項目、核准處理量及清運車籍等關鍵資訊；同時，積極與備援廠商簽訂契約，布建完善的應變機制，以確保清理韌性與業務連續性。院內所有廢棄物處置程序均交由具備甲、乙級證照之廢棄物處理專責人員執行，感染性廢棄物皆依法進行線上申報，並完整留存聯單紀錄與妥善處理證明，落實全流程追蹤之透明化管理。

另於各樓層及新光生活廣場配置標示顯目的分類回收容器( 共計12 項)，使綠色習慣深植於院內文化。2025 年共計焚化處置有害事業廢棄物446.307 公噸及非有害事業廢棄物806.74 公噸，總體處理量較2023 年顯著減量6.67 公噸。同時，自2025 年3 月起，正式推動「生物醫療廢棄物再利用計畫」，改採高溫滅菌處理替代傳統焚化，成功實踐資源循環，2025 年度有害事業廢棄物再利用量達53.872 公噸，具體落實醫療廢棄物資源化之永續願景。

廢棄藥物檢收對醫療院所而言是非常重要的工作，妥善處理不僅有助於環境生態保護，更可落實感染防治。為落實醫療廢棄藥物分類與檢收，方便民眾處理不需要的醫療用品和藥物，於一樓候藥大廳藥物諮詢櫃台成立「正確用藥教育資源中心」，提供廢棄藥物檢收服務，由藥師協助民眾回收不需要或過期的藥物，有效、安全地處理醫療廢棄藥物，另一方面可宣導民眾遵醫囑服藥之正確用藥觀念，避免醫療資源浪費，並鼓勵民眾將廢棄藥物送回本院集中處理，以落實環境保護。民眾送至本院集中處理的廢棄物均據實分類並登記重量於「檢收登記表」，所有分類檢收之廢棄藥物也不得再回收利用。

居家廢棄藥物中，有五大類建議拿至醫院，由藥師協助檢收分類，包括：抗生素、荷爾蒙、抗癌與免疫抑制劑、針具針頭及液體類藥物，本院在集中後將依「廢棄物實施分類管理辦法」採取不同的方式處理。醫療活動產生的廢棄物也依循同樣原則，例如護理站工作車均設置分類丟棄專區，分別收集廢棄針具與感染性廢棄物，一樓大廳也有設置針具回收筒，並要求裝置八分滿即須更換。